Przypuszcza się, że osada zwana dziś Żegociną została założona przez Wierzbiętę jeszcze w czasach Bolesława Krzywoustego (I poł. XII wieku). Wg Szczęsnego Morawskiego książę Bolesław Wstydliwy nadał rycerzowi Żegocie – herbu Topór osadę Villa Żegota.
Pod koniec XIII w. właścicielem wsi był Zbigniew Żegota - dziedzic sąsiedniej Łąkty Starej, który w roku 1293 ufundował w Żegocinie kościół, co zapewne wiązało się z lokowaniem wsi na prawie niemieckim.
Spadkobiercą Żegoty był Zawisza, a kolejnymi właścicielami wsi byli Otfinowscy.
Około 1650 r. właścicielem wsi był arianin Jan Chłopicki. Potem Żegocinę i okoliczne wsie wykupili Lubomirscy z Wiśnicza i przekazali je w użytkowanie dzierżawcom.
Po 1772 r. teren ten znalazł się pod zaborem austriackim. Rok 1846 przeszedł tu bez rozlewu krwi, choć dwory w Rozdzielu i Łąkcie Górnej zostały splądrowane
Krwawe żniwo
Krwawe żniwo zebrała tu natomiast I wojna światowa, bowiem w grudniu 1914 r. rozegrała się w tych okolicach krwawa bitwa (operacja limanowsko - łapanowska) zakończona zwycięstwem wojsk austriacko-pruskich.
Po odzyskaniu niepodległości Żegocina znalazła się w powiecie bocheńskim. Prężnie działał tu ruch ludowy. W latach 30-tych Żegocina stała się modną wsią letniskową. Do zbudowanego przez właściciela okolicznych lasów Samuela Rosenbluma domu letniskowego "Leśniczówka" przybywało wiele rodzin żydowskich.
5 września 1939 r. na teren gminy wkroczyli hitlerowcy. Ludność przeciwstawiła się okupantowi walcząc w szeregach Batalionów Chłopskich i Armii Krajowej. Latem 1944 r. odbył się na żegocińskim cmentarzu manifestacyjny pogrzeb zestrzelonego nad Łąktą Górną lotnika RAF-u Stefana Bohanesa, który wracał do bazy znad powstańczej Warszawy.
W styczniu 1945 r. Żegocina została wyzwolona bez walki przez wojska radzieckie. Po wojnie znalazła się w obrębie gminy Trzciana. W 1956 roku Żegocina stała się siedzibą Gromadzkiej Rady Narodowej, a w 1973 r. tu znalazła się siedziba władz gminy Trzciana – Żegocina przemianowanej następnie na gminę Żegocina.
Po II wojnie św. zaszły tu olbrzymie zmiany. Przeprowadzono elektryfikację, utwardzono nawierzchnię dróg, wybudowano wiele obiektów użyteczności publicznej. Wybudowano wodociąg i gazociąg a w ostatnich latach oczyszczalnię ścieków. W latach 70-tych gmina przeżywała boom gospodarczy i była jedyną w województwie gminą samowystarczalną finansowo. Była wyróżniona nagrodą "Gmina - Mistrz Gospodarności". W 1993 roku utworzono tu Liceum Ogólnokształcące i Zasadniczą Szkołę Zawodową. Od początku pojawienia się takiej możliwości,Gmina stała się dla wszystkich szkół organem prowadzącym wszystkie placówki oświatowe.
Z dniem 1 stycznia 1995 roku nastąpił podział gminy. Trzciana, Kamionna, Leszczyna, Rdzawa, Kierlikówka i Łąkta Dolna odłączyły się od Żegociny i utworzyły własną gminę, a siedzibą władz nowej gminy stała się Trzciana.
9 lipca 1997 roku
9 lipca 1997 roku nawiedziła gminę i okolice katastrofalna powódź, która dokonała olbrzymich zniszczeń w wielu gospodarstwach oraz infrastrukturze technicznej: drogach, mostach, ujęciach wody, oczyszczalni ścieków. Zaradni mieszkańcy szybko odbudowali zniszczone obiekty, także dzięki pomocy wielu instytucji i organizacji.
W tym samym roku, w ogólnopolskim konkursie "Gmina jakich mało", zorganizowanym przez Fundację Rozwoju Demokracji Lokalnej, Żegocina zdobyła za realizacje programu powszechnej edukacji jedną z trzech równorzędnych nagród głównych.
