W dolinie otoczonej pagórkami, w samym centrum wioski, bezpośrednio przy drodze nr 965 Bochnia - Limanowa, wznosi się żegociński kościół parafialny. Choć obecny kościół nie należy do najstarszych świątyń w regionie, historia Parafii w Żegocinie sięga zamierzchłych czasów. Dokument fundacyjny z 1293 roku, mówi, że pierwszy kościół w Żegocinie ufundował i uposażył Zbigniew Żegota herbu Topór, dziedzic wsi. Historycy przypuszczają jednak, że ów dokument jest jednak falsyfikatem. Parafia istniała już jednak w XIII wieku, ponieważ jako parafia w Żegocinie płaciła świętopietrze w roku 1335. Na starą metrykę kościoła w Żegocinie wskazuje również wezwanie św. Mikołaja, które zostało rozpowszechnione głównie przez kupców włoskich.
Nie mamy informacji o wyglądzie pierwszego żegocińskiego kościoła. Prawdopodobnie był to kościół drewniany, zbudowany z nieociosanych okrąglaków, dach miał drewniany, wysoki i stromy, a dokoła kościoła były tzw. soboty - niskie podcienia wsparte na słupach, kryte wspólnym dachem z kościołem. Właśnie drewniany kościół pod wezwaniem św. Marii Magdaleny, a później św. Mikołaja wymieniają akta wizytacyjne z drugiej połowy XVI wieku. Do XVII wieku obok kościoła stała dzwonnica. W XVI wieku w dzwonnicy znajdowały się już dzwony, z których jeden, z roku 1536 (Urban) przetrwał do dzisiaj i znajduje się w kościelnej wieży Najprawdopodobniej w I połowie XVIII w. dokonano przebudowy kościoła podmurowując ściany łącząc go z dzwonnicą. Wewnątrz kościół obity był deskami, a na suficie znajdowała się polichromia, tylko prezbiterium posiadało kamienną posadzkę, pod którą chowano księży i najbardziej zasłużonych parafian.
W połowie XIX wieku kościół ten nie nadawał się już do remontowania, gdyż był bardzo zniszczony. Dlatego też ówczesny proboszcz ks. Jakub Janczy powołał komitet budowy nowego kościoła. Postanowiono wybudować kościół murowany. Ponieważ koszty budowy kościoła z cegły były bardzo wysokie, zdecydowano się na wybudowanie świątyni z kamienia, którego w okolicy nie brakowało. Kościół wybudowano w 1895 roku pod kierunkiem inżyniera Ludwika Kurkiewicza i majstra murarskiego Tarczyńskiego z Bochni. Kościół poświęcił i pierwszą Mszę św. odprawił w nim, w 1896 r. proboszcz ks. Janczy. Konsekracji kościoła dokonał biskup tarnowski Ignacy Łobos w 1896 roku. Ks. Jakub Janczy zmarł w rok po konsekracji kościoła w dniu 22 kwietnia 1897 r. Miał 74 lata, a proboszczem w Żegocinie był przez 32 lata. Jego następca - ks. prałat Stanisław Jan Dutkiewicz (1897 - 1904), w roku 1898 wybudował wokół kościoła mur z kamienia ciosanego, który został zaprojektowany i wykonany pod nadzorem Józefa Mikulskiego - profesora Szkoły Przemysłowej w Krakowie, zakupił organy 11-głosowe wykonane na przełomie XIX i XX w. przez Tomasza Falla, organmistrza ze Szczyrzyca. oraz wyposażył wnętrze kościoła w ławki i konfesjonały, a w 1903 r. zakupił w Monachium z własnych pieniędzy piękne stacje "Drogi Krzyżowej" wykonane w pracowni Józefa Müllera.
Ks. Jan Bach (1916 - 1936) podjął się usunięcia dość dużych wad przy wybudowanym kościele. Pierwsza - to zbudowanie całych ścian odgradzających nawę główną od bocznych, a druga - to wieża, która przynajmniej o dwa piętra powinna być wyższa. Ks. Bach szukając środków materialnych wydrukował kartę pocztową z wizerunkiem kościoła w Żegocinie z nową wieżą; a dochód był przeznaczony na dokończenie budowy. Przebudowę wieży rozpoczęto w 1927 r. a zakończono w 1931 r. Została podwyższona o kilka metrów i zwieńczona kopułą. Jednocześnie przekuto ściany boczne pomiędzy kaplicami, a nawą główną i zamieniono boczne wejścia do kaplic na frontowe (stan obecny).
W latach siedemdziesiątych XX wieku, staraniem ówczesnego proboszcza Ks. Wojciecha Białasa , wykonano polichromię wnętrza kościoła, którą zamalowano po kilkunastu latach i od tego czasu wnętrze było utrzymane w kolorze białym. Z początkiem 2004 r. obecny Proboszcz Ks. Leszek Dudziak odnowił wnętrze świątyni utrzymując je w jasnej kolorystyce. Prace malarskie wykonała firma miejscowego rzemieślnika pana Odrońca. Przy okazji prac malarskich stwierdzono, iż szesnastowieczne figury na tęczy wymagają pilnej renowacji i w związku z tym zdjęto je i oddano do konserwacji jednej z krakowskich firm.
Kościół posiada trzy nawy: główną z ołtarzem ufundowanym przez Feliksa Armatowicza (dziedzica Łąkty Górnej, dwie nawy boczne z ołtarzami ufundowanymi przez parafian. Ołtarze te wykonano w pracowni Reifessera w Tyrolu. Uporządkowaniem i urządzeniem wnętrza kościoła zajął się następca Janczego - ks. dr Stanisław Dutkiewicz. Do urządzenia nowego kościoła wykorzystał część wyposażenia ze starego kościoła; np. ambonę z figurą św. Michała Archanioła. Wiele zasług dla urządzenia kościoła ma artysta rzeźbiarz Jakub Juszczyk (rodak z Żegociny). Jego autorstwa są m. in. bogato rzeźbiony ołtarz z figurą Matki Boskiej, ozdobne ławy w prezbiterium (stalle) z płaskorzeźbami polskich świętych oraz portrety proboszczów Janczego, Dutkiewicza, Pawickiego i Bacha znajdujące się w lewej zakrystii. W ołtarzu głównym, znajduje się figura Serce Pana Jezusa, nad nią figura patrona kościoła - św. Mikołaja, po bokach figury św. Kazimierza i błogosławionego Szymona z Lipnicy. Przed ołtarzem głównym znajdują się dwa pilastry podtrzymujące tęczę z gotyckimi rzeźbami Pana Jezusa na Krzyżu, Matki Boskiej i św. Jana, przeniesione tu ze starego kościoła. Na bocznych ścianach nawy głównej znajdują się wykonane w 'Monachium rzeźby Drogi Krzyżowej. Natomiast na ścianach nawy głównej namalowano, staraniem proboszcza Wojciecha Białasa (był proboszczem w latach 1947 - 1982) sceny z życia św. Mikołaja. W nawie lewej, od strony zachodniej) znajduje się ołtarz z obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej (z XVIII w.), a z prawej ołtarz z figurą św. Józefa. Inne, cenne zabytki tego kościoła to wspomniany już dzwon z 1536 r. zabytkowe ornaty oraz kamienna chrzcielnica z l połowy XIX wieku.
W kościele znajdują się także zabytkowe organy, które zakupił ks. Dutkiewicz za pieniądze uzyskane ze sprzedaży trzech ołtarzy ze starego kościoła. W roku 1922 zostały ufundowane przez parafian i rodaków z USA dwa nowe dzwony. Na większym był napis: "Fundacja parafii Żegocina na pamiątkę wskrzeszenia Polski", a na drugim: " Na pamiątkę ocalenia Żegociny podczas wojny 1914 r." Zrabowali je Niemcy podczas II wojny światowej.
W 1967 r. wykonano jeszcze dwa dzwony dla kościoła w Żegocinie: dzwon "Maria" - na pamiątkę 1000 - lecia chrztu Polski, drugi "Wojciech" - na 50 -lecie kapłaństwa ks. Wojciecha Białasa. Następca ks. Białasa - ks. Antoni Poręba podjął prace nad odnowieniem świątyni. Kościół został osuszony i odmalowany. Zmieniło się też jego otoczenie. Zburzono starą plebanię i wybudowano w 1989 r nową. Urządzono przykościelny parking i park, w którym stanęła figura św. Franciszka z Asyżu. Wokół kościoła położono brukowy chodnik.
Latem 1993 r. w kościele uroczyście obchodzono 700 - lecie istnienia żegocińskiej parafii, a dwa lata później świętowano 100 - lecie konsekracji tego kościoła. W styczniu 2003 roku zmarł wieloletni proboszcz żegocińskiej parafii ks. Antoni Poręba. Jego zasługą m. in. była przebudowa cmentarza oraz budowa nowej plebanii. Został pochowany w rodzinnej parafii - Ptaszkowej. W pierwszą rocznicę Jego śmierci parafianie ufundowali Mu epitafium, które umieszczono przy przejściu do prawej nawy. Jego następcą został pochodzący z Kamionnej ks. mgr Leszek Dudziak. Wymienił pokrycie dachowe, w tym pokrycie wieży, odnowił wnętrze kościoła i organy, zamontował dwa nowe dzwony: "Maryja" oraz "Jan Paweł II", poświęcone 5 sierpnia 2012 roku przez ks. biskupa ordynariusza Andrzeja Jeża (jeden poprzedni, także o imieniu "Maryja" pękł - uległ zniszczeniu), przebudował dawną wikarówkę na dom przedpogrzebowy. W lewej nawie kościoła zainstalował epitafium ks. Wojciecha Białasa. Rozbudował przykościelny parking oraz plebanię - pomieszczenia mieszkalne nad garażami. Odnowił kaplicę cmentarną. Pod koniec swojego proboszczowania zainstalował w kościele trzy monitory telewizyjne w celu wyświetlania transmisji nabożeństw w nawach bocznych oraz wyświetlania tekstów modlitw i pieśni.
Po jego rezygnacji Ks. Bp Ordynariusz Andrzej Jeż powołał na urząd proboszcza w Żegocinie w sierpniu 2016 roku ks. mgr Bogusława Pasierba, poprzednio proboszcza parafii Rudy Rysie. Jesienią 2017 roku nowy proboszcz przeprowadził pierwszą dużą inwestycję remontową - założenie wokół schowanych w ziemi murów kościoła odwodnienia. Pod koniec listopada 2017 roku w kościele założono nowe, gazowe ogrzewanie i wykonano modernizację kotłowni.
